A atividade da Fundação iniciou-se com Seminários que tiveram um grande impacto nacional, como foi o caso do seminário: “Repensar Portugal I”e “Cultura em Debate”, em 1978 , “A Cultura Portuguesa desde o início da Nacionalidade até ao ano Pessoa”, “Vitorino Nemésio – 10 após a sua morte” e ainda outros com características internacionais, como o “Iº Encontro Galaico-Português da Casa de Mateus” ou o “Encontro Luso-Italiano de Camonistas”.
Em 1995, foi realizado o seminário “Repensar Portugal II – a Educação”, e em 1996, “Repensar Portugal III – a Regionalização”, em 1997, “O Retorno do Nacionalismo”, e em 1998, “Judeus e Cristãos Novos em Portugal”.
Com o apoio da Comissão de Coordenação da Região Norte debateu-se em 1997 o futuro do “Turismo no Norte de Portugal”. Em 1999, foi promovida uma reunião com Centros Culturais Galegos e do Norte de Portugal vocacionados para a música erudita para tentar encontrar formas de cooperação e, um Seminário subordinado ao tema “Animação Cultural e Desenvolvimento Regional”, no qual se pretendeu sensibilizar os autarcas para a importância da componente cultural no desenvolvimento.
No âmbito do IICM e em colaboração com a Universidade Nova de Lisboa organizou-se um Seminário Internacional subordinado ao tema “O Genoma Humano” em 2001 e, em Outubro de 2002, um Seminário Internacional para abordar o tema da “Globalização e Imigração”. Em Junho de 2003, e com a colaboração também da Universidade do Porto organizou-se o Seminário “Um quarto de século entre dois séculos” sobre os poetas Vitorino Nemésio, Jorge de Sena e Ruy Belo, o Seminário “Petrarca” ocorreu em 2004 e CNEP em 2005.
A Fundação da Casa de Mateus também acolhe seminários organizados por outras instituições, como o Instituto Abel Salazar: “New Methods for Perinatal Surveillance”; a Faculdade de Economia da Universidade Nova de Lisboa: “Modelos Aplicados na Experiência Geral”e “O alargamento da CEE ao Sul: mais um passo para o abandono da Política Agrícola Comum”; o Instituto Superior de Economia de Lisboa: “Inovações Tecnológicas e Mercados de Trabalho” e “Teoria e Política do Mercado de Trabalho da CEE; a Faculdade de Medicina de Lisboa: “Investigação em Desenvolvimento Infantil e Familiar”; a Sociedade Portuguesa de Psicanálise: “Édipo na Psicanálise, Antropologia e Cultura” e a reunião de um Comité formado pelos responsáveis e pelos técnicos de cada uma das linhas europeias de investigação do projecto Heart, estudo sobre Tecnologias de Reabilitação, financiado pela Comissão das Comunidades Europeias, entre outros.
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