Manuel Pedro Ferreira estudou em Lisboa e na Universidade de Princeton, onde se doutorou em Musicologia com uma tese sobre canto gregoriano em Cluny, orientada por Kenneth Levy. Ensina no Departamento de Ciências Musicais da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas, Universidade Nova de Lisboa (FCSH/NOVA), de que chegou a ser coordenador. Desde 2005 é responsável pelo Centro de Estudos de Sociologia e Estética Musical da FCSH/NOVA. Em 1995 fundou o grupo de música antiga Vozes Alfonsinas, que ainda dirige em palco e em gravações. Foi eleito em 2010 membro da Academia Europaea e pertence desde 2012 ao Conselho Directivo da Sociedade Internacional de Musicologia.

Dedicado sobretudo aos estudos musicológicos, Manuel Pedro Ferreira escreveu um vasto número de artigos académicos em revistas e livros publicados por todo o mundo.